Capilla de los Reyes
En la capilla de los Reyes (trascoro) admiramos un retablo rococó en el que trabajaron Manuel Adán y Julián Martínez entre 1750 y 1757 con la colaboración del imaginero Andrés de Bolide (David y Ezequías; Joaquín y Ana, Zacarías e Isabel; Cristo Rey y los santos reyes Fernando, Luis, Hermenegildo y el duque Wenceslao). En este retablo se incorporaron tres obras de retablo anterior, realizadas por Juan Bazcardo hacia 1630: el relieve central de la Epifanía, el Santo Cristo de la Agonía y el relieve de San Jerónimo.
Capilla de San Juan Bautista
En la capilla de san Juan Bautista encontramos un excelente retablo churrigueresco del año 1717, estatua renacentista de san Juan y, en las paredes, frescos de Domingo de Rada (año 1774).
Capilla Bautismal
En la capilla bautismal hallamos un retablo idéntico al anterior, pero retocado posteriormente para colocar las estatuas de san Blas y san Antón. La pila bautismal señala, según la tradición, el lugar del martirio de los santos Emeterio y Celedonio. Es de estilo gótico, forma lobulada y de proporciones grandiosas.
Capilla de la Visitación
La capilla de la Visitación alberga un retablo mandado hacer en 1524 por don Pedro Ximénez de Cornago, arcediano de Berberiego. Es de estilo plateresco, en forma de gran tríptico. En el cuerpo central, tallas de la Visitación y del Calvario; a su alrededor, relieves con escenas de la vida de Jesús. En las puertas laterales, pinturas de santos, algunos de devoción popular como san Roque y san Sebastián.
El frontal de plata que cubre la mesa es de estilo rococó, de mediados del s. XVIII, donación del obispo D. Andrés de Porras, tiene medallones de la Asunción, santos Mártires, cornucopias y varios santos, y estuvo colocado en el altar mayor.
Capilla del Niño Jesús
Construida en 1735. El retablo es obra de Diego de Camporredondo, de estilo barroco y contiene interesantes tallas de san José, la Virgen, san Juan Bautista y santa Isabel. Fue donado por el deán don Pedro de Oñate.
Capilla del Espíritu Santo
Dentro de la girola encontramos la capilla del Espíritu Santo con un retablo clasicista de 1632. El lienzo de Pentecostés se trajo de Roma. Hacia 1710 Francisco del Plano pinta los cuadros laterales del Bautismo de Jesús y la Transfiguración, así como el Pentecostés de la cúpula.
Capilla de la Virgen del Pilar
En la capilla de la Virgen del Pilar encontramos un retablo churrigueresco de 1705. Su autor es José de San Juan y las esculturas son de Juan de Camporredondo. A la izquierda, un retablo clasicista con lienzo de Francisco del Plano, así como los balcones simulados y las pinturas murales.
Capilla de San Emeterio y San Celedonio
La capilla central y más amplia está dedicada a los Santos Mártires, Emeterio y Celedonio. Al frente, un retablo rococó con grandioso relieve del martirio, obra realizada por Manuel Romero hacia 1765. Es importante la pintura de la cúpula, pechinas, muros y lienzos laterales realizada por José Vejes.
Capilla del Santo Cristo de la Pelota
Contiene un retablo barroco de 1745, cuya autoría es de Julián Martínez (en la mazonería) y de Diego Camporredondo (en las esculturas). El crucifijo es del s. XIII y procede de un grupo escultórico del Descendimiento de la Cruz (de ahí el brazo desclavado y caído) al que le han desaparecido las otras estatuas. La abundante pintura de esta capilla (cúpula, pechinas, lienzos laterales…) es de Manuel Gutiérrez. El título le viene de una leyenda popular.
Capilla de San José
Con retablo rococó de 1760. La imagen fue donada por el arcediano de Berberiego D. Juan Miguel Mortela, y fue esculpida en el taller de José Ramírez (Madrid).
Capilla de la Inmaculada
El mismo donante construyó la capilla de la Inmaculada, con el retablo barroco de 1736, trayendo de Madrid la imagen de la Inmaculada en 1752.
Capilla de Santa Ana
La capilla de Santa Ana tiene un retablo barroco de principios del s. XVIII con magnífico relieve de Santa Ana, la Virgen y el Niño. Alberga la talla del Santo Cristo de la Agonía, de Juan Bazcardo (1628). Es un buen estudio anatómico. Se procesiona en Semana Santa y tiene una gran devoción entre los fieles de Calahorra.
Capilla de San Pedro
La capilla de San Pedro es la más rica del edificio y fue costeada en 1524 por el arcediano D. Pedro Lacanal. La verja, de estilo gótico plateresco, es una maravilla del arte de la rejería por sus frisos de grutescos y el coronamiento de chapa repujada. El retablo, de estilo plateresco, es de alabastro y cobija en sus hornacinas interesantes tallas de los apóstoles Pedro, Santiago y Juan; la Virgen, San Miguel y los santos mártires Esteban, Lorenzo y Vicente, y otras pequeñas imágenes deterioradas durante la Guerra de la Independencia de 1808.
Capilla de Santa Lucía
La capilla de Santa Lucía está cerrada por una verja de madera tallada en 1623 por el carmelita fray Juan, y alberga un retablo rococó de la segunda mitad del s.XVIII con una talla gótica de la santa titular.
Capilla de la Virgen del Rosario
En la capilla de la Virgen del Rosario tenemos un retablo rococó de 1765, con tallas de la Virgen, San Telmo y Santo Domingo de Guzmán, traídas de Madrid.
